Конец XII в. стал для Японии временем тяжелых потрясений. На фоне засухи и чумы в смертельной схватке за власть сошлись две крупнейшие группировки самураев – Тайра и Минамото. В те дни сражения не походили на грандиозные турниры. Это была жестокая борьба за выживание, в которой все средства были хороши. Рассчитывать на победу мог только тот, кто умел нестандартно мыслить и действовать. Именно в это суровое время на небосклоне военного искусства вспыхнула яркая звезда гениального полководца Минамото Ёсицунэ (1159–1189).

   Ёсицунэ оставил заметный след в истории ниндзюцу. Согласно позднейшим источникам именно он стал основателем первой реальной школы шпионского искусства, названной его именем – Ёсицунэ-рю.

   Создание этой школы явилось важной вехой в развитии искусства ниндзюцу. Ранее приемы рукопашного боя, методы разведки и шпионажа и военной стратегии как особые разделы военной науки не различались. Соответственно, не существовало и специализации в этих областях. Выделение же традиции ниндзюцу из всего объема военных знаний свидетельствовало о том, что к этому времени методы разведки и шпионажа достигли уже очень высокого развития и потребовали от воинов целенаправленной углубленной подготовки. Переоценить значение этого факта невозможно. По сути, с Ёсицунэ-рю и начинается ниндзюцу как особое искусство.